食品工業潔凈室（區）是在食品行業的原料加工、深加工生產的一門潔凈技術的應用。食品行業的潔凈室，除了控制空氣中的微粒外，也對空氣環境的微生物控制嚴格，在技術上防止微生物對食品的交叉污染。其中最具代表性的是無菌包裝，食品的無菌包裝（如軟包裝鮮果汁、牛乳等等），就是在潔凈環境中完成包裝工藝，在保持食品色、香、味、營養等方面大大優于一般的高溫殺菌的罐裝食品。除了無菌包裝，空氣潔凈技術在食品釀造、發酵中也有很高的應用。

     食品工業潔凈室（區）的潔凈等級參照醫藥工業潔凈室，但比一般的潔凈室要求要高，根據原來的現在已停止實行的美國聯邦標準FS 209B具體細化可分為100級、1000級、10000級、100000級、3000000級，根據與ISO-14644是國際標準接軌的中國國家標準GB-50073有1-9級，原來的100級、1000級、10000級和100000級都是分別由被國際標準ISO-14644標準中的5級、6級、7級和8級所替代，這類潔凈室（區）的潔凈度等級1-8級，其中1-5級，氣流流型為單向流或混合流，風速0.2-0.45m/s；6級氣流流型為非單向流，換氣次數50-60次/h；7級氣流流型為非單向流，換氣次數15-25次/h；8-9級氣流流型為非單向流，換氣次數10-15次/h。